En Francesc Pujols va néixer a Barcelona l’11 d’agost de 1882. Era fill d’un procurador de tribunals. De ben jove, va renunciar als estudis d’enginyeria i es va a posar a estudiar pel seu compte filosofia. Gràcies als seus poemes primerencs, va obtenir la Flor Natural i el primer accèssit als Jocs Florals de Barcelona de l’any 1903, celebrats a Barcelona.
El 1904 publicà el Llibre que conté les poesies de Francesc Pujols, amb un pròleg de Joan Maragall, el qual el presenta com un representant de la seva teoria sobre la "paraula viva". Aquesta publicació acabà de consagrar-lo.
El 1906, El nuevo Pascual, subtitulat Manual de la Prostitución, sota el pseudònim d'Augusto de Altozanos, una obra freudiana i surrealista escrita en un espanyol traduït directament del català de retornar a la llengua de Cervantes la frescor que havia perdut per obra i desgràcia dels escriptors acadèmics i amanerats del segle XIX.
Des del 1908, en què fou designat secretari de l'agrupació Les Arts i els Artistes, es dedicà a la crítica d'art i col•laborà en nombroses publicacions de l'època: "El Poble Català", "Las Noticias", "La Publicidad", "La Revista Nova", "Vell i nou", "Mirador", "Picarol", etc. Entre el 1911 i el 1914 dirigí el setmanari satíric "Papitu".
Fou membre de la Junta de Museus de Barcelona i secretari de l'Ateneu Barcelonès. El 1918 publicà el Concepte general de la Ciència catalana, on intentà de provar l'existència d'un corrent filosòfic genuïnament català des de Ramon Llull, de qui es proclamà deixeble tot aspirant a fundar un sistema propi anomenat de primer Hiparxiologia i, més tard, Pantologia. Aquesta obra acaba amb la seva famosa profecia, segons la qual arribarà un dia que els catalans, pel sol fet de ser-ho, allà on vagin, s'ho trobaran tot pagat.
L'any 1921 publicà els opuscles L'evolució i els principis immutables, La religió i la moral i un Recull d'articles de crítica artística. Les seves idees consistents a provar científicament els fonaments de la religió, esbossades en articles i conferències, així com en El sistema de Francesc Pujols o Manual d'Hiparxiologia, dictat a Josep Pla, li donaren fama d'haver "inventat" una nova religió.
El 1926, ja casat i amb un fill, deixà Barcelona per anar a viure a la seva Torre de les Hores de Martorell i publicà: Història de l'hegemonia catalana en la política espanyola durant el segle XIX (1926), en dos volums, molt contravertida; La visió artística i religiosa de Gaudí (1927), on profetitzà la glòria de l'arquitecte, assaig que fou traduït al francès per Salvador Dalí (Lausana, 1969), Catalunya i el Marroc (1928), La solució Cambó (1931), El pintor Pidelaserra (1934), i Un llibre-estel de Joaquim Casas-Carbó ''El problema peninsular'' (1935).
A finals de gener del 1939, s'exilià a Prada de Conflent, on s'acollí a l'hospitalitat de Pau Casals. Al cap de sis mesos, es traslladà a Montpeller. El 8 de gener de 1942 retornà a Catalunya. Fou "depurat" i, després de passar una mesada a la presó Model de Barcelona, retornà a la Torre de les Hores, on molts dels seus papers i dels seus llibres havien estat cremats per l'exèrcit espanyol d'ocupació. Amb tot, va continuar treballant silenciosament en la seva obra fins que les malalties li impedriren.
El filòsof morí a Martorell el 13 de febrer de 1962. Deixà a la Torre de les Hores una gran quantitat de notes pantològiques –és a dir, del sistema que no va poder acabar— i altres treballs.
